Το πρόβλημά σου είναι ότι το αρχείο srt είναι κωδικοποιημένο σε Windows 1252 ή ISO-8859-7.
Για να προβληθεί σωστά από linux πρέπει ή να αλλάξεις τις ρυθμίσεις στον player που χρησιμοποιείς ώστε να διαβάζει σωστά το αρχείο ή να αλλάξεις την κωδικοποίηση του αρχείου.
Προσωπικά το συγκεκριμένο "πρόβλημα" το αντιμετωπίζω με μετατροπή του αρχείου σε UTF-8.
εκτέλεσε
file -b /home/expamle/αρχείο.srt
και αν μέσα στην γραμμή που θα παραχθεί υπάρχει η δήλωση "ISO-8859"
εκτέλεσε ( για Ελληνικούς υπότιτλους )
iconv -f ISO8859-7 -t UTF8 /home/expamle/αρχείο.srt -o /home/expamle/αρχείο.srt.utf8
Αν είναι αγγλικοί οι υπότιτλοι άλλαξε το "ISO8859-7" σε "ISO8859-1" στην παραπάνω εντολή.
Αν το αποτέλεσμα της
file -b /home/expamle/αρχείο.srt
δεν είναι "ISO-8859" ή η γλώσσα δεν είναι ούτε Ελληνικά ούτε Αγγλικά, γράψε τι είναι να το δούμε.